El equipo disputó el primer partido de su historia en la plaza Siete de Abril (actual parque Almendra Tropical), y tras su admisión en la Liga de Fútbol del Atlántico en 1926, empezó a utilizar el estadio Moderno Julio Torres ubicado en el popular barrio Montes (calle 30 con carrera 24), que contaba con capacidad para 1 000 espectadores. El Moderno es reconocido por albergar en 1926 el primer partido internacional en la historia del fútbol colombiano, entre una selección de Costa Rica y una selección del Atlántico, en el cual se impusieron los locales 4-1. En una visita a Barranquilla en 1972, Pelé colocó una placa en el estadio, en donde se programaba su adecuación y remodelación. El 29 de julio de 2006 fue declarado patrimonio cultural y deportivo de la Nación. En 1936, Junior se trasladaría al recién levantado estadio Municipal, posteriormente bautizado "Romelio Martínez", construido con motivo de los Juegos Atléticos Nacionales de 1935 y con capacidad de 10 000 espectadores. Desde la llegada del fútbol profesional a Barranquilla en 1948 se hizo imperiosa la necesidad de ampliar el Romelio Martínez para albergar a todos los hinchas, que en muchas ocasiones rebasaban la capacidad del escenario. No fue sino hasta principios de la década de 1970 que se proyectó la ampliación del estadio Romelio Martínez con la construcción de nuevas graderías para el escenario deportivo, necesidad que había quedado de manifiesto tras el retorno de Junior al campeonato de fútbol colombiano en 1966. Sin embargo, un error arquitectónico obligaba a reducir una importante vía aledaña al estadio para ampliar una gradería, por lo que finalmente se decidió demoler la tribuna aún inconclusa. Actualmente el estadio cuenta con capacidad para 15 000 espectadores y sólo se utiliza para partidos del equipo Barranquilla Fútbol Club de la Categoría Primera B. Debido a la gran cantidad de dinero que se gastó en la fracasada ampliación del Romelio Martínez, y a estudios que mostraron la imposibilidad de realizar una adecuada ampliación a dicho escenario, se decidió construir el estadio Metropolitano Roberto Meléndez. Su construcción tardó 7 años (1979-1986) y costó 1 500 millones de pesos colombianos.
- Sede deportiva Adelita de Char
En esta sede se realizan los entrenamientos del plantel profesional de fútbol y de los equipos de las divisiones inferiores, ubicada al norte de la ciudad de Barranquilla, en jurisdicción de Sabanilla cerca de una de las intersecciones viales más importantes qué comunican a toda el Área Metropolitana, con el resto del departamento. En su interior se encuentra dotada con todo lo indispensable para el desarrollo de las actividades deportivas del club: canchas de fútbol reglamentarias, gimnasio, piscina para niños y adultos, sala de masajes terapéuticos y adelgazantes, baños, sauna, restaurante, parqueaderos, salones con silletería y mesas.
- Sede administrativa
Ubicada en un lujoso sector del norte de Barranquilla es el lugar donde se realizan las actividades concernientes a la toma de decisiones, respecto a los destinos del club: Contrataciones, asuntos logísticos, asambleas de directivos.
