Era amateur (1923-1929)
El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo de Barranquilla. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creo el equipo Juventus ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.
Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, liderados por Micaela Lavalle de Mejia, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil. El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juán Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Nuñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció 2-1.
En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior.
1930-1939
En 1932 queda campeón de la Primera Categoría.
En 1936 el equipo empezó a ser llamado Junior, como lo conocemos actualmente, teniendo en su equipo a jugadores como Roberto Meléndez, el primer jugador colombiano que juega en el exterior, y Romelio Martínez. Entre 1939 y 1940 Junior juega algunos partidos amistosos con la dirección técnica del inglés Jack Greenwell, dándose a conocer internacionalmente.
1940-1947
Entre 1942 y 1947 es considerado el mejor equipo de Colombia. En 1945 participa representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Fútbol bajo el auspicio de la Adefutbol. En este torneo, Junior, representando a Colombia, jugó contra Brasil(perdiendo 3-0), contra Uruguay (perdiendo 7-0), Chile (perdiendo 2-0), Argentina (perdiendo 9-1), Ecuador (ganando 3-1) y Bolivia(empatando 3-3). Al final del torneo, Junior terminó quinto con 3 puntos, superando a Bolivia (2 puntos) y Ecuador (1 punto).
Era profesional
1948-1949
En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe. En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.
En 1949 es requerido por la Adefutbol para participar representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Río de Janeiro,Brasil, siendo sancionado por la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefutbol. En el Torneo Suramericano jugó, como Selección Colombia, contra Paraguay (perdiendo 3-0), Perú(perdiendo 4-0), Brasil (perdiendo 5-0), Chile (empatando 1-1), Uruguay (empatando 2-2), Ecuador (perdiendo 4-1) y Bolivia(perdiendo 4-0). Al final del torneo, terminó último con 2 puntos, los mismos de Ecuador.
1950-1953
Junior regresa a la Dimayor en 1950 teniendo entre sus jugadores a Heleno da Freitas. Al final del torneo queda 8º con 31 puntos.
En 1951 llegan Efraín "El Caimán" Sánchez y Tim. Terminan octavos con 36 puntos. Al final del año saldrían del equipo Efraín "El Caimán" Sánchez, Helenio Da Freitas y Tim.
En 1952, sin sus grandes estrellas brasileñas y el gran portero colombiano, Junior terminó sexto en el torneo con 33 puntos.
En 1952, sin sus grandes estrellas brasileñas y el gran portero colombiano, Junior terminó sexto en el torneo con 33 puntos.
En 1953 terminan 10 del campeonato con 15 puntos. También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.
1966-1969
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.
En 1967, Junior contrata a tres míticos jugadores brasileños: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos. Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe. Ese mismo año salen del equipo las tres estrellas brasileñas contratadas a principio de año.
En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín "El Caimán" Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios. Pierde en la lucha por el tercer lugar anual al empatar un partido y perder el otro. A final de año sale del equipo el mítico arquero Efraín "El Caimán" Sánchez.
En 1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un gol olímpico en un mundial de fútbol: Marcos Coll (logro hecho en el Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos.
1970-1979
En 1970 llega al equipo uno de los jugadores insignes de los primeros títulos: Jesus "Toto" Rubio. En el Torneo Apertura, Junior termina segundo con 33 puntos (4 menos que el líder); y en el Torneo Finalización termina noveno con 23 puntos. A pesar del regular Torneo Finalización, Junior logró clasificarse al Cuadrangular Final, donde enfrentó a Deportivo Cali, Santa Fe y Cúcuta Deportivo. Al final, Deportivo Cali ganó el campeonato. A pesar de haber perdido el campeonato Junior clasificó a su primera Copa Libertadores.
En 1971 participa en su primera Copa Libertadores. Queda ubicado en el grupo 5 junto a Barcelona de Guayaquil, Emelec y Deportivo Cali. Junior queda eliminado al quedar último del grupo con 5 puntos. El primer partido de Copa Libertadores que jugó Junior fue contra Deportivo Cali en el estadio Romelio Martínez de Barranquilla, con resultado 2-1 a favor de Junior. En el torneo doméstico Junior terminó el Torneo Apertura en el puesto 12 de la tabla con 18 puntos. En el Torneo Finalización, termina 12 con 19 puntos.
En 1972 se vuelve accionista del club Fuad Char, trayendo al goleador brasileño Víctor Ephanor. En el Torneo Apertura Junior terminó segundo con 36 puntos (a 2 del líder). En el Torneo Finalización termina quinto con 29 puntos. Junior con estas campañas logra clasificar al Triangular Final donde enfrenta a Millonarios y Deportivo Cali. Junior termina tercero con 3 puntos.
En 1973 llegan importantes figuras como Dulio Miranda (quien duraría solo ese año), Gabriel Berdugo y el uruguayo Nelson Silva Pacheco. Vuelve Marcos "Olímpico" Coll. En el Torneo Apertura, Junior termina décimo con 23 puntos. En el Torneo Finalización, Junior terminó sexto con 24 puntos. Nelson Silva Pacheco queda goleador colombiano con 36 goles.
En 1974 vuelve el goleador brasileño Victor Ephanor. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 33 puntos. En el Torneo Finalización, Junior terminó sexto con 22 puntos. Junior así clasificaba al Hexagonal donde enfrenta a Deportivo Cali, Atlético Nacional, Deportivo Pereira, Millonarios y America de Cali. Junior termina quinto del Hexagonal con 9 puntos. Victor Ephanor queda goleador con 33 goles.
En 1975 llega el arquero argentino Juan Carlos Delmenico, se marchan Jesús "Toto" Rubio, Victor Ephanor y vuelve Dulio Miranda. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 32 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda ubicado en el Grupo A. Termina tercero con 22 puntos. Junior clasificó a la Final. En la tabla de posiciones Junior termina quinto con 6 puntos.
En 1976 llegan Otmar Ruben Pellegrini (solo por ese año) y Juan Ramón Verón. Junior termina segundo del Torneo Apertura con los mismos puntos del líder Millonarios de Bogotá con 37 puntos. Ál estar empatados en puntos, Junior y Millonarios jugaron una serie de desempate. En el partido de Barranquilla, Junior ganó 4-1. Luego en Bogotá, Millonarios venció por el mismo marcador, quedando un resultado global de 5-5. Este partido fue suspendido por disturbios en el estadio por lo que Millonarios y Junior compartieron el liderato del Torneo Apertura, clasificando ambos a los Hexagonales Finales. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando sexto con 20 puntos. En el Hexagonal Final Junior termina cuarto con 11 puntos. A final de año se marcha el goleador uruguayo Nelson Silva Pacheco.
En 1975 llega el arquero argentino Juan Carlos Delmenico, se marchan Jesús "Toto" Rubio, Victor Ephanor y vuelve Dulio Miranda. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 32 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda ubicado en el Grupo A. Termina tercero con 22 puntos. Junior clasificó a la Final. En la tabla de posiciones Junior termina quinto con 6 puntos.En 1976 llegan Otmar Ruben Pellegrini (solo por ese año) y Juan Ramón Verón. Junior termina segundo del Torneo Apertura con los mismos puntos del líder Millonarios de Bogotá con 37 puntos. Ál estar empatados en puntos, Junior y Millonarios jugaron una serie de desempate. En el partido de Barranquilla, Junior ganó 4-1. Luego en Bogotá, Millonarios venció por el mismo marcador, quedando un resultado global de 5-5. Este partido fue suspendido por disturbios en el estadio por lo que Millonarios y Junior compartieron el liderato del Torneo Apertura, clasificando ambos a los Hexagonales Finales. En el Torneo Finalización, Junior quedó ubicado en el grupo A, quedando sexto con 20 puntos. En el Hexagonal Final Junior termina cuarto con 11 puntos. A final de año se marcha el goleador uruguayo Nelson Silva Pacheco.
